A PJMP está organizada e/ou presente por meio de seus militantes, atualmente, em onze regionais da CNBB, sendo eles (clique neles para ver um pouco da história dos mesmos):

• Centro-Oeste (Distrito Federal, Goiás e Tocantins)
• Leste 1 (Rio de Janeiro)
• Leste 2 (Espírito Santo e Minas Gerais)
• Nordeste 1 (Ceará)
• Nordeste 2 (Alagoas, Paraíba, Rio Grande do Norte, Pernambuco)
• Nordeste 3 (Bahia e Sergipe)
• Norte 1 (norte do Amazonas e Roraima)
• Sul 1 (São Paulo)
• Sul 2 (Paraná)
• Sul 3 (Rio Grande do Sul)
• Sul 4 (Santa Catarina)

Em cada regional, a organização pastoral tem as suas especificidades. Contudo os objetivos e princípios metodológicos são os mesmos. Uma metodologia que busca:
a) contribuir para que os jovens adquiram a capacidade de pensar de forma autônoma, desenvolvendo uma visão crítica em torno do mundo e da vida;
b) ver o jovem em sua totalidade, em todas as suas dimensões: política, econômica, social, cultural, racial, de gênero e espiritual. Neste sentido, o corpo é manifestação de Deus;
c) contribuir para que os jovens tenham acesso aos conhecimentos produzidos pela humanidade. Isto significa permitir que se apropriem de informações, estudo, do saber já elaborado e a partir da sua vida, e possam produzir novos conhecimentos.

Articulações inter-regionais ou por bloco:
Desde o seu nascimento, a PJMP no Nordeste possuiu uma articulação em toda a região. Os encontros inter-regionais ou de bloco deram uma grande contribuição ao avanço da PJMP nesta região. Em outras regiões do país a experiência de articulação por bloco também foi importante instrumento na expansão da proposta da PJMP.
No Nordeste a primeira comissão inter-regional foi eleita por ocasião do 5º Encontro Inter-Regional da PJ do Nordeste realizado em Juazeiro da Bahia nos dias 27 a 30 de janeiro de 1982. Este encontro foi transformado pelos seus participantes em 1º Encontro Inter-Regional da PJMP do Nordeste (Conforme Relatório do 1º Encontro Inter-Regional da PJMP do Nordeste). A experiência de articulação por bloco no Nordeste foi mantida até os anos 90 (mais ou menos até 1994). (que regionais mantêm articulação por bloco).